Existe cierta controversia sobre el género de la banda, al respecto de si se podrían clasificar como nu metal, que en ocasiones trae a colación connotaciones negativas, o heavy metal.
System of a Down ha sido etiquetado como "nu metal" por algunos fanáticos y medios en sus comienzos. Esto puede ser atribuido al lanzamiento de su primer álbum, que ocurrió durante el boom del nu metal a mediados de los años 1990. Añadiendo a esto, la banda participó del festival Ozzfest, festival conocido por presentar bandas prospecto en el género del nu metal. Su música incluye solos de guitarra tanto en las introducciones como en los intermedios, un rasgo característico de las bandas tradicionales de metal.
Aquellos que creen que la etiqueta de nu metal no debe ser atribuida a la banda argumentan que no existe rapeo o pinchadiscos utilizados en sus canciones. Aunque se pueden apreciar las influencias hip-hop características del nu metal pero que no definen el género.
Además, la banda no se considera a sí misma como nu metal. El guitarrista Daron Malakian dijo en una entrevista con Guitar World que está complacido de que System of a Down no se haya deslizado al género del nu metal. Durante un concierto en el 2005, él dijo: "Solían llamarnos nu-metal, ahora nos llaman rock progresivo. Yo creo que nos llaman de cualquier forma que sea popular."
En una entrevista del año 2005 con Houston Press, Daron dijo: "Últimamente, hemos estado haciendo entrevistas, y la gente ha estado diciendo algo así como 'Ustedes están realmente liderando el nuevo movimiento progresivo', y me pregunto si es así.' Porque hace un par de años, estas personas nos comparaban con Limp Bizkit y Korn, y ahora que todavía estamos aquí y esas bandas no, están hablando del progresivo. Es bastante irritante que la gente siempre tenga que tener algo con qué compararnos o agruparnos. No estoy diciendo que seamos la banda más original del mundo, pero realmente no siento que caigamos en una categoría del heavy metal o de rock puro. Hay diversos elementos entremezclados en uno."
